Weatherall основал лейбл Boys Own в конце 1980-х и вскоре утвердился на позиции ведущего ди-джея на лондонской эйсид хаус сцене. Благодаря этому ему представилась возможность сделать ремикс на трек Worlds In Motion для New Order и поработать с Paul Oakenfold, Primal Scream, и многими другими.

Сотрудничество с Oakenfold привело к выпуску сингла Loaded, вошедшего в чарт Топ 20 и знаменитого релиза Screamadelica. Громкий успех Screamadelica поставил имя Weatherall на верхнюю строчку британского списка лучших ди-джеев и музыкантов.

После того, как Andrew был приглашен работать на радио Kiss FM, он начал управлять двумя клубами в Лондоне и в 1993 году активно работал с техно-поп проектом One Dove. В том же году, Weatherall вместе с Jagz Koomer и Gary Burns создал проект Sabres of Paradise. Ребята выпустили серию экспериментальных эмбиент - техно синглов на лейбле Sabrettes, принадлежащем Weatherall. Так же несколько релизов Sabres of Paradise вошли в компиляции на Warp Records.

Параллельно, Weatherall работал с Primal Scream над треком Trainspotting для небезызвестного одноименного фильма и в 1999 выпустил третий микс из серии Heavenly Presents: Live at the Social.

В 1996 году, Weatherall начал работать с Keith Tenniswood, что стало началом нового этапа этапа Two Lone Swordsmen и лейбла Emissions Audio Output. В 2000 и 2001 годах он выпустил еще несколько миксов и вместе с Tenniswood отправился в тур с ди-джей сетами по всему миру.

Andrew и Keith закончили работу над альбомом под названием From The Double Gone Chapel и выпустили его на лейбле Warp.

Треки Andrew Weatherall в 2004 году вошли в ноябрьский выпуск серии компиляций от клуба Fabric. "Приходится трудиться, но это правильно. Чтобы писать хорошую музыку, я должен выступать с сетами. Видеть, как люди танцуют под мою музыку вот что самое важное для меня" - Andrew Weatherall.